Это можно сделать, включив KeyPreview в форме и обработав событие KeyUp.
Следующий код обходит функциональность альтернативных кодов Windows и вызывает нажатие кнопки при нажатии Alt + NumPad1:
if (e.Alt && e.KeyCode == Keys.NumPad1)
{
e.Handled = true;
button1.PerformClick();
}