Мне удалось решить это самому.Проблема была со следующими строками моего jquery:
$('html, body').stop().animate({
scrollTop: $($anchor.attr('href')).offset().top
Хотя это позволило плавной прокрутке иметь место на странице, она переместилась на якорь без обновления URL с идентификатором фрагмента.
Если кому-то интересно, как выполнить то же самое, то приведенный ниже код должен помочь.Я изменил его для своих собственных нужд, но кредит должен идти на Arial Flesler (http://www.learningjquery.com/2007/10/improved-animated-scrolling-script-for-same-page-links)
function filterPath(a) {
return a.replace(/^\//, '').replace(/(index|default).[a-zA-Z]{3,4}$/, '').replace(/\/$/, '')
}
var e = filterPath(location.pathname);
var f = scrollableElement('html', 'body');
$('a[href*=#]').each(function () {
var b = filterPath(this.pathname) || e;
if (e == b && (location.hostname == this.hostname || !this.hostname) && this.hash.replace(/#/, '')) {
/*var anchor1 = window.location.hash; */
var c = $(this.hash),
target = this.hash;
if (target) {
var d = c.offset().top;
$(this).click(function (a) {
a.preventDefault();
$(f).animate({
scrollTop: d
}, 1000,'easeInOutExpo', function () {
location.hash = target
$("div#headerNav ul li a").removeClass('on');
$n = target.substring(target.length-1,target.length);
$("div#headerNav ul li:nth-child(" + $n + ") a").addClass('on');
})
})
}
}
});