Я решил это, используя задачу копирования:
<copy todir="target/web/linked1">
<fileset dir="../linkdProject/source1" />
</copy>
<copy todir="target/web/linked2">
<fileset dir="../linkedProject/source2" />
</copy>
....
<war destfile="target/webApp.war">
<fileset dir="WebContent" />
<fileset dir="target/web" /> <!-- copy linked resources -->
...
</war>
<delete dir="target"/>