Если они хотят, чтобы вы использовали log4net, они были бы рады перезапустить обновленную программу на сервере. В конце концов, вы захотите добавить запись в программу, которую хотите зарегистрировать.
При этом, если вы используете файл конфигурации log4net, ваша программа будет слушать этот файл, и вы можете изменить его, когда захотите, без перезапуска или перекомпиляции приложения. Это вступает в силу немедленно, поэтому вы получаете большую гибкость.
Если вы хотите осуществлять централизованный мониторинг, вы можете записать все в базу данных. Я использую Log4View (коммерческая программа) с их удаленным взаимодействием по протоколу TCP, что приятно.