Если я правильно понял, должно работать следующее, хотя я на самом деле не проверял:
RewriteEngine On
RewriteBase /
# Rewrite everything that's not site_editor or already rewritten
# to the website folder
RewriteRule !^site_editor(/.*)?$ - [C]
RewriteRule !^website(/.*)?$ - [C]
RewriteRule ^(.*)$ website/$1 [PT,QSA,L]
# Rewrite a request to site_editor/ to site_editor/login.html
RewriteRule ^site_editor/$ site_editor/login.html
Люди могут по-прежнему заходить на www.somesite.com/website/index.html, если захотят. Я думаю, что это может быть исправлено, но из-за того, как применяется .htaccess RewriteRules, сложно разобраться в этом. Если я вспомню, что это, я обновлю свой ответ.