Если вы хотите быть последовательным кроссплатформенным, то избегайте вариантов Emacs, которые предоставляют настройки, недоступные в других.
Я не знаком с опциями OSX, но я бы порекомендовал вам использовать стандартный GNU Emacs (23.2.1 - текущая версия) на всех трех платформах.
NTEmacs - очень надежная встроенная версия для Windows, или вы можете установить пакет Cygwin (вместе с сервером Cygwin X.org).
В вашем файле инициализации вы можете обработать любые системные требования конфигурации, которые могут у вас быть такими:
(when (eq system-type 'windows-nt)
(require 'my-win32))
И все остальное должно быть согласованным, независимо от того, где вы находитесь.
Я очень рекомендую поместить весь ваш конфиг (файл инициализации и любые другие вспомогательные файлы / пакеты) в систему контроля версий (я использую github). Это упрощает поддержание согласованности конфигурации между всеми платформами и позволяет обновлять конфигурацию с любой из них.