Если сценарии выводятся на стандартный вывод, вы можете просто передать их в два разных файла:
perl script1.pl >output1.txt & perl script2.pl >output2.txt &
Последний амперсанд, конечно, необязателен, если вы хотите, чтобы ваш терминал блокировался. Это перенаправляет первую команду в фоновый режим, выполняя вторую сразу после запуска первой.
Поскольку выходные данные передаются в два разных файла, выходные данные не будут смешиваться.