Чтобы сборка, не являющаяся частью инфраструктуры, появилась на вкладке .NET, вам нужна запись в реестре, например
HKLM\SOFTWARE\Microsoft\.NETFramework\v4.0.30319\AssemblyFoldersEx\ProductName
, значением которого является строка, которая называет каталог как
c:\Program Files\Reference Assemblies\ProductName\
и тогда в этой папке должна появиться справочная сборка.
(я не уверен на 100% в правильности этого, но я думаю, что это правильно.)
Обычно программный пакет выполняет этот шаг за вас, если это хорошо разработанный набор компонентов библиотеки.
Что касается второго вопроса, вы хотите создать свой собственный «шаблон проекта» Visual Studio, который начнет вас с этими настройками по умолчанию (надеюсь, веб-поиск покажет вам шаги).