Так как Raphael предназначен для векторной графики, он не подходит для вашей проблемы с png. Я думаю, что холст это то, что вы ищете. Загрузите ваше изображение на холст (необходимо отодвинуть холст в DOM). При нажатии проверьте координаты и получите пиксель из холста .
Но, возможно, вам будет проще конвертировать png в векторную графику и использовать вместо него Raphael.