При развертывании новых версий любого веб-приложения, над которым я работаю, я никогда не развертываю файл конфигурации. Я всегда делаю это вручную, это гарантирует, что никакие критические изменения не будут сделаны случайно. У вас также есть возможность разбить ваши файлы конфигурации на небольшие файлы конфигурации, например, вы можете разбить ваши appSettings и connectionStrings на отдельные файлы:
<connectionStrings configSource="_Configuration\Connections.config" />
<appSettings configSource="_Configuration\Settings.config" />
Просто управляйте развертыванием с учетом этих файлов.