Я имел успех в прошлом, используя функцию Acrobat Interapplication Communication из VBScript. У меня нет полной версии Acrobat для тестирования, но это должно как минимум дать вам отправную точку:
Dim app
Set app = CreateObject("AcroExch.App")
Dim srcDoc, destDoc
Set srcDoc = CreateObject("AcroExch.PDDoc")
Set destDoc = CreateObject("AcroExch.PDDoc")
srcDoc.Open srcPath
destDoc.Create
destDoc.InsertPages 0, srcDoc, 0, srcDoc.GetNumPages(), 0
destDoc.Save 0, destPath
srcDoc.Close
destDoc.Close
app.Exit
В разделе OLE Automation справочника API содержится список доступных классов и методов.