Раньше это было очень распространенным явлением, особенно во времена гибких дисков, когда пространство было драгоценным, и разархивировать программу было утомительно на диске, отличном от zip-файла.
Причина, по которой это можно сделать, заключается в том, что структура инвентаризации zip-файлов расположена в end zip-файла, а не на передней части, поэтому zip-файл может содержать большое количество исходных нерелевантные байты до тех пор, пока структура инвентаря не указывает на них (и, соответственно, на jar-файлы расширения). Чаще всего для этого использовалась небольшая программа, предназначенная только для распаковки, которая затем могла бы распаковать файл zip.
Одной из утилит для добавления такой программы является unzipsfx. Вот справочная страница для этого:
http://linuxcommand.org/man_pages/unzipsfx1.html
Похоже, что Minecraft использует другую предварительно созданную программу, которая сама вызывает Java.
EDIT: заглянул внутрь с помощью шестнадцатеричного редактора. Minecraft.exe упакован с Launch4j.