Вы, кажется, уже ответили на свой вопрос. Как вы намекаете в своем ответе, порядок продуктов определяется самими пакетами. Ваш msi всегда устанавливается последним.
Пакеты можно найти в (для VS2008):
C: \ Program Files \ Microsoft SDKs \ Windows \ v6.0A \ Bootstrapper \ Packages
В каждом пакете содержится собственный файл манифеста загрузчика, в котором заданы необходимые условия. Вам не нужно беспокоиться об этом для предоставленных пакетов от Microsoft. Вы действительно должны заботиться только о том, чтобы создавать собственные пакеты для своих предварительных требований.