zlib полностью совместим с файлами gzip, но вы должны быть уверены, что используете функции, ориентированные на gzip, потому что gzip имеет специальный формат заголовка и нижнего колонтитула, который иначе не будет правильно интерпретироваться zlib: http://www.zlib.net/manual.html#Gzip
Если это не работает для вас, вам нужно выяснить, действительно ли у вас есть файлы gzip, а не какая-либо другая форма сжатия с вводящим в заблуждение расширением файла.