Правда, у вас не может быть квадратных скобок.
У вас должно быть одинаковое имя для полей "name" и "id"?
Хуже того, вы всегда можете добавить уникальный класс к своему входу и найти его в JS через него.то есть
<input type="checkbox" name="custom_15[1]" class="test" id="custom_15[1]" value="1" />
И затем в вашем JS используйте это
$(".test")
Надеюсь, это поможет.