Общее решение для этого - использовать шаблон проекта Makefile. Вы можете указать команды, которые строят, очищают и перестраивают команды. Обычно вам нужна только команда сборки. Это до вас, чтобы написать это, все идет. Вы можете добавить файлы исходного кода в проект, но нет никакой ссылки на них в команде сборки. Другими словами, если вы добавите новый файл исходного кода, вам придется изменить команду сборки вручную.