Вы читаете каждую строку, но только обрабатываете каждая третья:
int lineNo = 0;
while (in2.hasNextLine()) {
String filesURL = in2.nextLine();
if (lineNo == 0)
processLine (filesURL);
lineNo = (lineNo + 1) % 3;
}
lineNo = (lineNo + 1) % 3
будет циклически проходить от lineNo
до 0,1,2,0,1,2,0,1,2,...
, и строки будут обрабатываться только когда он равен нулю (таким образом, строки 1, 4, 7, ...).