Метод GetFiles позволяет вам указать шаблон подстановочного знака, но не регулярное выражение.Другая возможность - просто пройтись по файлам и проверить их имя по регулярному выражению.
IEnumerable<string> files = Directory
.EnumerateFiles(@"c:\somePath")
.Where(name => Regex.IsMatch(name, "SOME REGEX"));