Вы можете использовать метод close () созданного всплывающего окна, которое возвращается методом open () как объект:
var myPopup;
$(document).ready(function(){
$('#signin_menu a').click(function (){
myPopup = window.open(
$('#signin_menu a').attr("href"),
'mywindow',
'width=850,height=400');
return false;
});
})
Для закрытия сделайте следующее:
myPopup.close();