Нельзя полагаться на то, что текущий рабочий каталог установлен в любом месте приложения Java EE.
Однако вы можете спросить JVM, где физически расположен данный ресурс, и перейти оттуда.
Если это для файлов журналов, я обнаружил, что это лучше всего работает для нас, если наши операторы журнала заканчиваются на java.util.logging, а затем позволяют Glassfish управлять ими.