Вы можете настроить таргетинг на определенную часть страницы, используя beforeShow
function opendialog(mypage) {
var linktoopen=mypage ;
$.fancybox({
'autoScale': false,
'transitionIn': 'elastic',
'transitionOut': 'elastic',
'speedIn': 500,
'speedOut': 300,
'width' : 800,
'height' : 410,
'autoDimensions': false,
'centerOnScroll': true,
'scrolling' : 'no',
'type' : 'iframe',
'href' : linktoopen,
beforeShow: function(){
$(".fancybox-iframe").css({
margin : "-380px 0 0",
height:"790px"
});
}
});
}