Просто разместите представление AdMob на том же иерархическом уровне ScrollView, но находясь впереди. Затем, когда объявление доступно, установите adMobView.hidden = NO, а когда оно недоступно, установите adMobView.hidden = YES. По сути, иерархия:
RootView -
|---- UIScrollView
|----- any UIView (to be scrolled)
|---- AdMobView --> not subview of ScrollView but subview of RootView
Конечно, когда объявление будет видно, вы не сможете нажать на него, чтобы прокрутить, если только вы не создадите подкласс для его передачи, чтобы перейти к следующему уровню в иерархии. Но, вероятно, у вас нет этой проблемы благодаря уменьшенному размеру объявления (48) по отношению ко всему scrollView (480).