Производительность Subversion больше связана с нагрузкой на ваш сервер, чем с размером хранилища. Проверка дискового пространства и производительности процессора, а также проверка производительности веб-сервера (или svnserve в Windows).
Если вы удалите ветви, все равно будет версия репозитория, в которой есть эти ветви, поэтому они не будут удалены. Единственный способ действительно удалить содержимое - это сбросить хранилище (svnadmin dump), а затем использовать svndumpfilter, чтобы удалить соответствующие ветки из созданного содержимого. Полученный контент можно загрузить в новый репозиторий без удаленного контента, и даже номера ревизий могут быть обновлены.
Мне не известно, что HEAD обрабатывается по-разному с точки зрения производительности. Однако копии HEAD (или чего-либо еще) являются дешевыми, легкими копиями и не должны влиять на производительность.
Можете ли вы предоставить какую-либо дополнительную информацию о том, какие конкретные операции замедляются?