Итак, мой быстрый и грязный способ сделать это недавно - использовать python:
for root, dirs, files in os.walk(inRootDirArg):
for d in dirs:
if d.startswith('.'):#excludes directories that start with '.'
continue
...<logic to move your desired directories>...
Это решение игнорирует любой каталог, начинающийся с '.', Но если мне нужно быть более конкретным, его нетрудно изменить, пропустив только каталоги .svn.