На самом деле все наоборот: Firefox верен, а IE неверен.
Это связано с плохой реализацией IE * модели box .
Элемент div "BorderDiv" имеет высоту контейнера в 100% ("ContentColumn"), которая составляет 78 пикселей. Затем к этому добавляются граница, отступы и поля.
Почему бы просто не добавить границу в div "ContentColumn" и вообще избавиться от div "BorderDiv":
<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-transitional.dtd">
<HTML>
<HEAD>
</HEAD>
<BODY>
<div id = "MasterDiv" style = "float: left; width: 200px; height: 80px; background-color: Red">
<div id = "RightDiv" style = "float: left; width: 100%; height: 78px; background-color: Blue;">
<div id = "ContentColumn" style = "margin-left: 50px; height: 76px; border: solid 1px Black;">
right
</div>
</div>
<div id = "LeftDiv" style = "float: left; margin-left: -100%; width: 50px; height: 78px; background-color: Green;">
left
</div>
</div>
</BODY>
</HTML>
Редактировать
Изменен «ContentColumn», чтобы иметь высоту 76px, чтобы учесть размер границы.
Кроме того, вы можете не использовать quirksmode в IE, поэтому он будет использовать правильную блочную модель.