В этой статье дается описание того, как использовать RAPI для копирования файлов с устройства WinCE на компьютер:
http://www.codeguru.com/cpp/w-p/ce/article.php/c3521
Однако RAPI работает только на ПК, поэтому он не будет работать для ваших целей.
Есть несколько способов обработки связи, инициируемой устройством, как вы хотите. В моем мире (.NET / C #) легко настроить простой веб-сервис ASP.NET, работающий на ПК, и заставить устройство общаться с ним (для загрузки файла устройство отправит файл в виде массива байтов, веб-служба сохранит его на рабочем столе).
Поскольку вы не используете .NET, ваше лучшее решение, вероятно, FTP с устройства. Вот статья, которая показывает, как это сделать:
http://msdn.microsoft.com/en-us/library/ms901267.aspx