Я не использую NetBeans или PHP, но следующий прием помог мне в аналогичной настройке:
<?php if(0) { ?><script><?php } ?>
# code goes here
<?php if(0) { ?></script><?php } ?>
Просто окружите код js тегами <script>
или <style>
, которые не отображаются. Нет необходимости настраивать какие-либо специальные ассоциации, если редактор достаточно умён в отношении HTML.