В конце концов, это просто HTML-разметка в браузере, обрабатывайте ее так же, как если бы вы работали со страницей, которую нужно просматривать в любом веб-браузере. jQuery будет работать нормально, если вы можете ссылаться на библиотеку из разметки. Для этого потребуется вставить ссылку на скрипт в разметку во время выполнения.
Вы говорите, что источник может находиться на диске или быть сгенерирован динамически, я бы ввел предварительно загруженный шаг, который либо загружает файл с диска, либо генерирует разметку в памяти, а затем (используя манипуляции со строками или XML) вводит ссылка на jQuery и все связанные скрипты в разметке перед заполнением документа WebBrowser. Оттуда просто позвольте элементу управления WebBrowser делать свою работу.