Вы должны использовать корневую папку библиотеки lib и из этой папки перебирать ее коллекцию папок.Обратите внимание, что вам нужно установить для web.Lists.IncludeRootFolder значение true, чтобы получить доступ к корневой папке.Но что-то я не понимаю - папки имеют древовидную структуру, как вы собираетесь поместить их в плоский ddl?