Понял это сразу после того, как я написал - правильный способ поддержания функциональности прокрутки при отключении выбора - отключить каждую опцию:
<select MULTIPLE name="WG_Emp_List" class="mainText" readonly="readonly">
<cfloop query="Agent_List">
<cfoutput><option disabled>#LAST_NAME#, #FIRST_NAME#</option></cfoutput>
</cfloop>
</select>