Просто удалите весь сгенерированный код Java. Вам это не нужно, если вы хотите чисто родную деятельность. Единственное, что вам нужно сделать, это настроить файл манифеста Android, как показано в документации. В частности, вам понадобится:
<!-- Tell NativeActivity the name of or .so -->
<meta-data android:name="android.app.lib_name"
android:value="native-activity" />
И вам нужно изменить jni / Android.mk, чтобы он создавал jni с именем lib_name.