Заставьте вашего установщика добавить ярлык в папку автозагрузки или добавьте раздел реестра в HKEY_LOCAL_MACHINE \ Software \ Microsoft \ Windows \ CurrentVersion \ Run или HKEY_CURRENT_USER \ Software \ Microsoft \ Windows \ CurrentVersion \ Run.Имя ключа reg - что угодно, например, имя вашего приложения, а значение - путь к исполняемому файлу.