Вы можете создать экземпляр GroovyScriptEngine с собственной реализацией ResourceConnector. Это может использовать java.lang.Class.getResource, чтобы получить скрипт, который вы встраиваете в файл войны.
Если вам нужно иметь возможность динамически изменять сценарий, то база данных может быть хорошей идеей.