Я не думаю, что в IDE есть что-то, что могло бы сделать это, но вы, вероятно, можете сделать это, отредактировав файл проекта C # вручную.
Что-то похожее на: <Reference Include="ThirdPartyAssembly" />
Может быть изменено на: <Reference Include="ThirdPartyAssembly.x86" Condition="'$(Platform)' == 'x86' />
<Reference Include="ThirdPartyAssembly.x64" Condition="'$(Platform)' == 'x64' />