Невозможно поместить все фильмы в один .fla без отображения всех медиафайлов каждого фильма в основной библиотеке .fla.
Один из способов сохранить это организованно - перетаскивать структуру папок библиотеки каждого суб-фильма в основной фильм, ДО того, как вы скопируете кадры. Если сначала скопировать и вставить кадры, все будет помещено на верхний уровень библиотеки, что является беспорядком.
Следует отметить, что все средства массовой информации должны иметь разные имена. Если это проблема, есть команда, которую вы можете установить в Flash CS, которая добавляет префикс или суффикс к именам каждого элемента в суб-фильмах, чтобы избежать конфликтов.