хорошо, с использованием php потребуется подпрограмма, которая обходит всю систему, например, рекурсивно, открывать каждый файл с определенным окончанием, а затем обойти этот файл и просмотреть каждую строку на предмет появления строки, а при поиске строки просто сохранить это где-то.
Кстати, PHP - не лучший кандидат для поиска во всей системе появления определенной строки. Если возможно, я бы предпочел использовать другой язык, который немного быстрее при работе с системой рядом с задачами.
В Windows я использую Notepad ++ в качестве инструмента для поиска в определенной папке со всеми ее подпапками всех вхождений определенной строки.