Да, вы можете сделать это; увидеть другие ответы.
Однако народная мудрость заключается в том, что использование нестандартных организаций для проекта Maven - это плохая идея, потому что (так гласит история) имеет тенденцию ломать плагины Maven (и другие инструменты), которые принимают стандартную организацию. (По крайней мере, инструменты, вероятно, будут менее тщательно протестированы для нестандартных организаций.)
Другая проблема заключается в том, что человек ожидают стандартную организацию проекта. Действительно, «сильная поддержка» стандартной проектной организации (IMO) является одним из главных преимуществ Maven.
Могу ли я сделать радикальное предложение?
Вместо использования нестандартного макета для вашего проекта из-за ограничений CVS перенесите исходный код в более новую систему контроля версий, в которой история версий сохраняется при переименовании файлов и каталогов.
Эта страница википедии - хорошее место для поиска альтернатив.