У вас есть несколько вариантов.
1. Кастомный камень
Вы можете поместить свой модифицированный источник гемов на github, а затем указать Bundler использовать ваш код.
В Gemfile
:
gem 'coderay', :git => 'git://github.com/ryanprayogo/coderay.git'
(или каким бы ни был фактический путь.)
2. Злой близнец
Другим вариантом было бы создать Evil Twin в вашем каталоге поставщиков. Это что-то вроде шаблона для хаков, который вы хотите отделить от кода своей библиотеки.
http://errtheblog.com/posts/67-evil-twin-plugin