То, что вы пытаетесь сделать (я думаю), это использовать OCR для извлечения текста из изображения PDF, созданного сканером.Java, вероятно, лучше всего подходит для этого.Есть несколько вариантов для этого, в зависимости от того, готовы ли вы заплатить за программное обеспечение для этого.Google для Java (или Javascript), PDF и OCR.
ИМО, эта задача не должна выполняться в JSP.JSP лучше всего подходят для рендеринга результатов, а не для их генерации.