Предполагая, что путь известен, и выполняется поиск содержимого каталога, чтобы найти следующий подкаталог / нужный файл, использование подкаталогов будет более эффективным с асимптотической точки зрения, во многом аналогично тому, как дают деревья двоичного поиска результаты гораздо быстрее, чем связанные списки в худшем случае. Однако я не знаю, верно ли мое предположение о файловой системе.