Что в настоящее время находится в вашей build структуре каталогов? Это скомпилированный вывод?
Интуитивно (и я, возможно, пришел из мира, отличного от вас, поэтому «интуитивно» - это относительный термин), когда я вижу папку build, примыкающую к папке src, я ожидаю, что исходный код программы быть в последнем и сценарии / инструменты / и т. д. нужно было его построить чтобы быть в первом. Сценарии (в данном случае make-файлы, хотя потенциально могут включать и другие вещи) сами по себе являются исходным кодом, как вы заявляете, но не являются источником программы. Различие состоит в том, что один - это «что строится», а другой - «как его строить».
Если я вас правильно понимаю, src это то, что связано с вашим контролем исходного кода, а build нет? При таких обстоятельствах я, вероятно, создал бы build (или builder или building или что-то в этом роде) в src для размещения сценариев. Может быть, немного не совсем понятно, что ему нужно перебраться в другую папку, прежде чем выдавать свои выходные данные, но она должна хорошо сочетаться с уже имеющимися там папками ресурсов.