Вы впереди игры, потому что ваш апдейтер - отдельный exe. В дополнение к добавлению манифеста на него, как предлагает @Martin, в идеале вы также должны изменить пользовательский интерфейс основного приложения. Либо включите кнопку / пункт меню с надписью «Применить обновления», либо откройте модальный пользовательский интерфейс с надписью «Обязательные обновления готовы, нажмите ОК для продолжения». Затем на кнопке или пункте меню или ОК модального пользовательского интерфейса украсьте щитом . Это напоминает пользователям, что они получат приглашение UAC.
Без этого ваш код будет работать нормально, но они будут поражены. Они используют приложение, контролируют ядерный реактор или утверждают счета расходов или что-то еще, и вдруг - бля! - экран становится черным, и они получают подсказку - на нем есть exe-имя, но никто его не читает, и это может ничего не объяснить.
Есть большая вероятность, что это незапрошенное приглашение UAC не получит согласия пользователя. Поэтому лучше изменить свой пользовательский интерфейс, чтобы объяснить это им.