Это зависит от того, что вы хотите отследить, но если вы сравниваете, какие функции выполняются, вам может помочь профилировщик, такой как Vtune. Он может генерировать таблицу того, какие функции и как часто вызывались, или дерево вызовов. Я считаю, что VS2008 Professional или Enterprise также поставляется с профилировщиком, хотя я не использовал его.