Вам немного не хватает информации о том, что там находится, но R CMD
уважает .Rbuildignore
.
Вот реальный пример:
edd@max:~$ cat svn/rinside/pkg/.Rbuildignore
inst/doc/html
inst/doc/latex
inst/doc/man
inst/doc
inst/lib
edd@max:~$
, который указывает R CMD build
игнорировать документацию, генерируемую doxygen =, а также каталог библиотеки.