использовать каждый метод, который передает индекс в качестве параметра.
$('#gallery .thumbnail').each( function(idx){
if (idx==4 || idx==9)
$(this).addClass('last');
if (idx > 9)
$(this).addClass('bottom-last');
} );
обратите внимание, что цифры равны 1 минус то, что вы хотите, потому что индекс начинается с нуля