Да, есть несколько решений.Один из них - запустить оператор SQL SCRIPT :
SCRIPT TO 'fileName'
Другой - использовать инструмент Script :
java org.h2.tools.Script -url <url> -user <user> -password <password>
Затемтакже являются оператором RUNSCRIPT и инструментом RunScript.
Кстати, вы должны рассмотреть возможность обновления до более поздней версии H2.В более новых версиях два файла .data.db и .index.db объединяются в файл .h2.db.