Не совсем, так как они тесно связаны. Смысл интеграции NHSearch / Lucene.NET / NHibernate заключается в том, что вы можете выполнять полнотекстовый поиск, но возвращаемые результаты - это доменные объекты, то есть из базы данных.
Таким образом, без сохранения их в базе данных, NHSearch не сможет раздувать доменные объекты, найденные в индексе Lucence.
Еще один подход заключается в просмотре одной из баз данных документов, такой как Raven.