Вы должны пройти через все пользовательские типы (используя отражения), используемые в вашем приложении, и попытаться создать экземпляр каждого из них.Конечно в try / catch.Затем поймайте FileNotFoundException и проинформируйте пользователя, если некоторые библиотеки отсутствуют.
Когда вы создаете экземпляр типов, используемых в вашем приложении, AppDomain загружает необходимые библиотеки (поэтому он выдаст исключение, еслифайл не найден).
Думаю, это поможет.