Как определить поля, которые, как я знаю, я буду запрашивать для индексации с помощью базы данных объектов Neodatis в DataNucleus?
По моему мнению, аннотация @Index применяется только к ORM для реляционных баз данных.
Просто прочитайте код http://datanucleus.svn.sourceforge.net/viewvc/datanucleus/platform/store.neodatis/trunk/src/java/org/datanucleus/store/neodatis/NeoDatisStoreManager.java?revision=9380&view=markup где вы можете увидеть, как используется IndexMetaData.