Вам просто нужно установить диапазоны графиков, чтобы охватить отрицательные значения, которые вы хотите отобразить. Например:
CPXYPlotSpace *plotSpace = (CPXYPlotSpace *)lineChart.defaultPlotSpace;
plotSpace.yRange = [CPPlotRange plotRangeWithLocation:CPDecimalFromFloat(-10.0f) length:CPDecimalFromFloat(20.0f)];
plotSpace.xRange = [CPPlotRange plotRangeWithLocation:CPDecimalFromFloat(-10.0f) length:CPDecimalFromFloat(20.0f)];
покажет значения от -10 до 10 в X и Y.